Zmiana wymagająca decyzji PW może być zgłaszana przez każdego z partnerów dwa razy w ciągu roku kalendarzowego. Wniosek zatwierdzony przez PW jest przesyłany przez system SL2014 do WST, który weryfikuje poprawność wniosku. Po przyjęciu przez WST do wiadomości zmiany dokonanej przez PW, WST otwiera wniosek o dofinansowanie do edycji. Po wprowadzeniu zmian przez PW podpisany, zaktualizowany wniosek o dofinansowanie jest przekazywany do WST. Na jego podstawie WST wprowadza zmiany do systemu SL2014 i przygotowuje rejestr zmian, który jest przesyłany do IZ, kontrolerów i PW. 

Zmiany do projektu wymagające decyzji WST mogą być zgłoszone nie więcej niż dwa razy do roku (łącznie dla każdego rodzaju zmian bez względu na zakres).  Wniosek jest przesyłany przez PW za pośrednictwem systemu SL2014 do WST, który weryfikuje poprawność wniosku. Po wydaniu decyzji przez WST otwierany jest wniosek o dofinansowanie do edycji. Po wprowadzeniu zmian przez PW podpisany, zaktualizowany wniosek o dofinansowanie jest przekazywany do WST. Na jego podstawie WST przygotowuje aneks do umowy i/lub wprowadza zmiany do systemu SL2014 oraz przygotowuje rejestr zmian, który jest przesyłany do IZ, kontrolerów i PW.

Cała procedura wprowadzania zmian jest opisana szczegółowo w Podręczniku beneficjenta.